La Revolución de Mayo fue el proceso histórico fundamental que inició en 1810 nuestro movimiento emancipador. A partir de él, las primeras autoridades argentinas se vieron en la necesidad de organizar la estructura básica del Estado a fin de asegurar ese gran objetivo político.

Para ello, la Primera Junta de Gobierno debió determinar cuáles de las instituciones españolas existentes al 24 de mayo debían incorporarse a la flamante orgánica – ya que no las recibieron en herencia del gobierno hispánico, y quiénes serían designados como sus titulares, preferentemente criollos de confianza probada y adheridos a la causa. Dentro de aquellas estuvo nuestra Institución.

 Efectivamente, el primer gobierno patrio decretó el 25 de junio de 1810, que el capitán del puerto de Buenos Aires, Dn. Martín Jacobo Thompson, debía abstenerse de obedecer órdenes de la Comandancia de Marina de la Armada Española, con asiento en Montevideo, circunstancia que le fue comunicada, con la advertencia que de no hacerlo debía cesar en sus funciones y trasladarse de inmediato a ese puerto, debiendo asimismo informar acerca de la decisión de continuar o no en el cargo bajo las nuevas pautas establecidas.

 Por ese documento se oficializó la dependencia orgánica de la Institución, de la Primera Junta, a través de la Secretaría de Guerra a cargo entonces del Dr. Mariano Moreno, situación que ya venía operando en la práctica desde el 25 de mayo.

 Thompson, ferviente impulsor de la Revolución desde su intervención en el Cabildo Abierto del 22 de mayo, aceptó el cargo de Capitán de Puerto propuesto por la Junta, nombramiento que fue confirmado mediante decreto del 30 de junio de 1810, redactado de puño y letra por el Dr. Mariano Moreno como Secretario de Gobierno y Guerra del primer gobierno argentino, completándose así la nueva organización de la Institución.

 Este último documento, ciertamente, equivale al acta de nacimiento oficial de la actual PREFECTURA NAVAL ARGENTINA, entonces denominada Capitanía de Puertos de las Provincias Unidas del Río de la Plata, constituyéndose así el Coronel Dn. Martín Jacobo Thompson en el primer Prefecto Nacional.

 Acorde a los hechos acontecidos, el Ministerio del Interior mediante Resolución N° 0665 de fecha 23 de Octubre del 2001, ampara los antecedentes históricos que surgen de la trayectoria Institucional, que en lo sucesivo, el “Día de la Prefectura Naval Argentina” se conmemora el 30 de Junio de cada año.